企业取得的增值税专用发票被认定为虚开，需根据具体情况进行处理，可分为善意取得和恶意取得两种情形。具体如下：

• 善意取得虚开的增值税专用发票：

• 认定条件：购货方与销售方存在真实交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。

• 处理方式：对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关规定不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。若购货方能够重新从销售方取得合法、有效专用发票，准许其抵扣进项税款或者出口退税。

• 恶意取得虚开的增值税专用发票：

• 认定条件：若企业出于少纳税款等目的，故意取得虚开的增值税专用发票，如明知销售方提供的发票为虚开仍接受，或与销售方勾结虚构交易取得发票等，属于恶意取得。

• 处理方式：根据《国家税务总局关于纳税人取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》规定，除依照《税收征收管理法》及有关规定追缴税款外，还要处以偷税数额五倍以下的罚款；进项税金大于销项税金的，应当调减其留抵的进项税额。利用虚开的专用发票进行骗取出口退税的，应当依法追缴税款，处以骗税数额五倍以下的罚款。构成犯罪的，税务机关依法进行追缴税款等行政处理，并移送司法机关追究刑事责任。

无论企业是善意还是恶意取得虚开发票，都应积极配合税务机关的调查，提供相关的合同、资金流水、货物运输凭证等资料，以证明企业的业务真实性及对发票虚开情况的知晓程度，争取合法合理处理。